Ningrum, S. G., I. Khaerunnisa, Supriyono & I. W. T. Wibawan, 2022. Molecular detection and phylogenetic analysis of a Shiga toxin-producing strain Escherichia coli (partial rfbe and flic_h7 gene), serotype O157:H7 isolated from a living chicken of a traditional market in Indonesia. Bulg. J. Vet. Med., 25, No 3, 500-506.

 

DOI: 10.15547/bjvm.2020-0070

 

The objective of this study was to identify a Shiga toxin-producing strain Escherichia coli partial rfbE and fliC_h7 gene of O157:H7 isolated from a faeces sample collected from a live chicken in a traditional market in Bogor, Indonesia. The isolate was investigated using multiplex polymerase chain reaction (PCR) to detect stx1, stx2, rfbE, and fliC_h7 gene of STEC O157:H7. Then, sequencing was applied to identify the antigen markers, which are the rfbE and fliC_h7 genes. In the present study, the isolate which was obtained from a live chicken was successfully identified as STEC O157:H7 strain. This conclusion was based on multiplex PCR and a nucleotide sequence analysis. This pathogen was not only found in the live chicken, but it was further suggested that the rfbE and fliC_h7 genes can be used as alternative targets for molecular identification of this pathogen.

 

Key words: fliC_h7, live chicken, multiplex PCR, rfbE

 

Ningrum, S. G., I. Khaerunnisa, Supriyono & I. W. T. Wibawan, 2022. Молекулярна детекция и филогенетичен анализ на шига-токсин продуциращ щам Escherichia coli (частичен rfbe и flic_h7 ген), серотип O157:H7 изолиран от живо пиле на традиционен пазар в Индонезия. Bulg. J. Vet. Med., 25, No 3, 500-506.

 

DOI: 10.15547/bjvm.2020-0070

 

Целта на това проучване бе да се идентифицира шига-токсин продуциращ щам Escherichia coli (частичен rfbe и flic_h7 ген) O157:H7 изолиран от фекална проба на живо пиле на традиционен пазар в Богор, Индонезия. Изолатът бе изследван с мултиплексна полимеразноверижна реакция (PCR) за детекция на stx1, stx2, rfbE и fliC_h7 гени на STEC O157:H7. След това бе приложено секвениране за идентифициране на антигенните маркери – гени rfbE и fliC_h7. В това проучване, изолатът от живо пиле бе успешно идентифициран като STEC O157:H7 щам. Това заключение бе направено на базата на мултиплексна PCR детекция и анализ на нуклеотидните последователности. Този патоген не само бе установен при живото пиле, но бе изказано предположението, че гените rfbE и fliC_h7 могат да са алтернативни таргети за молекулярна идентификация на този патоген.

 

Ключови думи: fliC_h7, живо пиле, мултиплексна PCR детекция, rfbE