Putri, N., I. Wulandari, R. Ernawati & F. Abdul Rantam, 2021. Multi-epitope peptide vaccine prediction against Newcastle disease virus using immuno-informatics approaches. Bulg. J. Vet. Med., 24, No 1, 136-143. 

DOI: 10.15547/bjvm.2019-0074

 

Newcastle disease is one of the most critical disease in poultry and wild birds, largely due to its high morbidity and mortality, as well as its worldwide distribution and threat of considerable economic losses to avian industries caused by Newcastle disease virus (NDV). The NDV can cause clinical signs varying from subclinical infections to 100% mortality, depending on the susceptibility of the host and the virulence of the virus. The virus is classified into velogenic (viscerotropic velogenic and neurotropic velogenic), mesogenic and lentogenic. The objectives of this study was to design a peptide vaccine using immunoinformatics approaches. In total, 12 NDV fusion proteins retrieved from NCBI database were aligned to determine the conservancy and candidate epitopes were analysed by predictions tools from Immune Epitope Database. Then the 3D structure of the conserved region was modelled using the Swiss Model and aligned using PyMol software. Two epitopes were predicted as a peptide vaccine for B cell (DKAVNVYTSSQT and NMPKDKEACAKAPLEA). This is a preliminary study of designing an epitope-based peptide vaccine against NDV, and we recommend further study to identify the interaction between these peptides with T cells and antibodies.

Key words: epitope, Immune Epitope Database (IEDB), Newcastle disease virus (NDV), peptide vaccine

 

 

Putri, N., I. Wulandari, R. Ernawati & F. Abdul Rantam, 2021. Прогнозна мултиепитопна пептидна ваксина срещу вируса на Нюкясълската болест посредством имуноинформатични подходи. Bulg. J. Vet. Med., 24, No 1, 136-143.

DOI: 10.15547/bjvm.2019-0074

 

Нюкясълската болест е една от най-сериозните болести сред домашните и диви птици, главно поради високата заболеваемост и смъртност, както и глобалното си разпространение и причиняваните значителни икономически загуби в птицевъдството от вируса на Нюкясълската болест (NDV). NDV предизвиква клинични признаци вариращи от субклинични инфекции до 100% смъртност според чувствителността на гостоприемника и вирулентността на вируса. Вирусът е класифициран като велогенен (висцеротропен велогенен и невротропен велогенен), мезогенен и лентогенен. Целта на това проучване бе разработване на пептидна ваксина посредством имуноинформатични подходи. Общо 12 хибридни протеини на NDV от базата данни на NCBI бяха подравнени за определяне на консервацията и кандидат-епитопите бяха анализиране чрез прогнозни инструменти от база данни за имунни епитопи (Immune Epitope Database). След това, 3D структурата на консервирания регион бе моделирана чрез Swiss Model и подравнена чрез PyMol софтуер software. Два епитопа бяха предсказани като пептидна ваксина за B клетки (DKAVNVYTSSQT and NMPKDKEACAKAPLEA). Това е предварително проучване за разработка на епитоп-базирана пептидна ваксинасрещу  NDV, като препоръчваме по-нататъшни проучвания за установяване на взаимодействието между тези пептиди с Т-клетките и антителата.

Ключови думи: епитоп, база данни за имунни епитопи (IEDB), вирус на Нюкясълската болест (NDV), пептидна ваксина