Jajarmi, M., M. Askari Badouei, R. Ghanbarpour, A. Karmostaji & H. Alizade, 2021. Antimicrobial resistance patterns and phylogenetic analysis of Shiga toxin-producing Escherichia coli strains from goats using both Clermont phylogenetic schemes. Bulg. J. Vet. Med., 24, No 1, 32-42.

 

DOI: 10.15547/bjvm.2019-0055

 

Foodborne transmission of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) poses a threat to public health. The Clermont typing schemes (previous and revised) have been used widely to phylotype E. coli. The present study was conducted to compare the relationship of the Clermont phylogenetic schemes in STEC strains isolated from goats and antibiotic resistance patterns in the southeast of Iran. Overall 52 strains carrying the stx gene were used for subsequent analysis. All strains were determined by analysing the genomic DNA with a PCR-based method using the two Clermont et al. (2000, 2013) schemes. Extended spectrum beta-lactamase (ESBL) producing strains were confirmed by the double disk-diffusion method. STEC strains were also tested for susceptibility to 20 antimicrobials agents. In the original Clermont method, the prevalent phylogroups were B1 (69.2%) and A (28.8%). The significant phylogenetic groups of strains according to the revised Clermont method were B1 (82.7%), A (13.5%) and unknown (3.8%). However, STEC strains underwent changes as noted from A to B1 (17.3%), B1 to unknown (3.8%), B1 to A (1.9%) and D to B1 (1.9%) groupings. Of the 52 stx-positive strains, two ESBL producing strains were detected. Susceptibility data showed that the most frequent resistance phenotype was related to cefazolin (90.4%), streptomycin (88.5%), ampicillin (86.5%) and oxytetracycline (82.7%) respectively. Although the overall frequency of the reassigned phylotypes was not significant, most changes occurred within the A phylotype. Therefore, implementation of the new method on isolates belonging to the A phylotype in the old method seems to be necessary to obtain accurate results.

Key words: drug resistance, extended-spectrum beta-lactamase, goat, phylogeny, STEC

 

 

Jajarmi, M., M. Askari Badouei, R. Ghanbarpour, A. Karmostaji & H. Alizade, 2021. Профили на антимикробна резистентност и филогенетичен анализ на шига токсин продуциращи щамове от кози чрез двете филогенетични типизиращи схеми на Клермон. Bulg. J. Vet. Med., 24, No 1, 32-42.

 

DOI: 10.15547/bjvm.2019-0055

 

Предаването на шига токсин продуциращи Escherichia coli (STEC) по хранителната верига е опасно за публичното здраве. Схемите за типизиране на Клермон (първоначалната и ревизираната) се използват рутинно за филотипизиране на E. coli. Това проучване бе проведено за сравнение на връзката на филогенетичните типизиращи схеми на Клермон за STEC изолати от кози и моделите на антимикробна резистентност в югоизточен Иран. За по-нататъшен анализ бяха използвани 52 щама носители на stx гена. Всички щамове бяха определени чрез анализ на геномната ДНК чрез PCR метод използващ двете схеми на Клермон (Clermont et al. 2000, 2013). Продуцентите на широкоспектърни бета-лактамази (ESBL) бяха потвърдени чрез двоен диск-дифузионен метод. STEC изолатите бяха тествани още за чувствителност към 20 антимикробни агенти. При оригиналния метод на Клермон, преобладаващите филогрупи бяха B1 (69.2%) и A (28.8%). Значимите филогенетични групи според ревизирания метод на Клемон измежду щамовете бяха B1 (82.7%), A (13.5%) и непозната група (3.8%). Групирането на STEC щамовете претърпя изменение от A към B1 (17.3%), B1 към неизвестна група (3.8%), B1 към A (1.9%) и D към B1 (1.9%). Oт 52 stx-положителни щама, бяха установени два продуцента на ESBL. Данните за чувствителността показаха, че най-често срещаните фенотипове на резистентност бяха свързани съответно с цефазолин (90.4%), стрептомицин (88.5%), aмпицилин (86.5%) и окситетрациклин (82.7%). Макар че общата превалентност на смяната на филотипове не бе значителна, най-много промени бяха наблюдавани в рамките на филотип A. Следователно, прилагането на новия метод към изолатите от филотип A според стария метод изглежда необходимо за получаване на точни резултати.

Ключови думи: резистентност към медикаменти, широкоспектърна бета-лактамаза, коза, филогенетично дърво, STEC