Awad, R. A., S. Ali Hassan, A. G. Attallah & W. K. B. Khalil, 2020. Epidemiology and molecular diagnosis of canine coronavirus in Egypt: evaluation of different tests used for its diagnosis. Bulg. J. Vet. Med., 23, No 4, 467-477.

DOI: 10.15547/bjvm.2019-0024

This work aimed to study the epidemiology and molecular detection of existing canine coronavirus (CCoV) strain circulating in Egypt. A total number of 86 dogs with clinical signs suggestive for CCoV infection was subjected to clinical examination and quick immunochromatography (IC) on faecal swabs to detect viral antigen. To identify CCoV viral RNA and S protein gene in blood and faeces, conventional PCR and quantitative RT-PCR were used. All examined dogs showed clinical signs suggestive of CCoV infection. Only 32 out of 86 dogs were positive for IC. Of all samples, 36 showed positive results in PCR  and the amplification products from these 36  samples were confirmed as CCoV-S protein partial gene by the analysis of nucleotide sequence. However, the qRT-PCR analysis detected 45 positive samples e.g. more than those of IC or conventional polymerase chain reaction. Statistical evaluation of IC and conventional PCR to the results of qRT-PCR performance showed sensitivity, specificity, accuracy, positive and negative predictive values of 71%, 100%, 84.9%, 100%, 75.9% for IC and 80%, 100%, 89.5%, 100%, 82% for PCR, respectively.  Sex and age had no effects on IC and PCR results. The prevalence of CCoV infection among the population of this study was 52.3%. Sequence analysis results  proved that CCoV strain 59/08 was the strain, circulating in Egypt among dog populations. PCR products of the CCoV cDNA were closely identical to published CCoV-S partial gene. The NCBI Genbank accession number of sequence of the studied gene (CCoV-S partial gene) in this study was KY655745.

Key words: canine coronavirus, dogs, Egypt, epidemiology, qRT-PCR, sequencing

Awad, R. A., S. Ali Hassan, A. G. Attallah & W. K. B. Khalil, 2020. Епидемиология и молекулярна диагностика на кучешки коронавирус в Египет: оценка на различни диагностични тестове. Bulg. J. Vet. Med., 23, No 4, 467-477.

DOI: 10.15547/bjvm.2019-0024

Целта на проучването бе да изследва епидемиологията и молекулярната детекция на съществуващия щам кучешки коронавирус (CCoV), циркулиращ в Египет. Общо 86 кучета с клинични признаци на CCoV инфекция бяха подложени на клинично изследване и бърз имунохроматографски (IC) тест на фекални тампони за откриване на вирусен антиген. За идентифициране на вирусна РНК и ген на S протеин от CCoV в кръвта и изпражненията, бяха използвани конвенционален PCR и количествен RT-PCR тест. Всички изследвани кучета показаха клинични признаци за CCoV инфекция. Само 32 от 86-те кучета бяха позитивни чрез IC. От всички проби, 36 дадоха положителен резултат от PCR теста и техните амплификационни  продукти бяха потвърдени като частичен ген на CCoV-S протеин чрез анализ на нуклеотидните последователности. Чрез qRT-PCR анализ обаче бяха установени 45 положителни проби, т.е. повече от тези позитивирани с IC или с конвенционалния PCR. Статистическата оценка на IC и конвенционалния PCR спрямо резултатите от количествения RT-PCR показаха чувствителност, специфичност, точност, положителни и отрицателни прогнозни стойности съответно 71%, 100%, 84.9%, 100%, 75.9% за IC и 80%, 100%, 89.5%, 100%, 82% за PCR. Полът и възрастта нямаха влияние върху резултатите от IC и PCR. Превалентността на CCoV инфекцията сред популацията в това проучване бе 52.3%. Резултатите от секвенционния анализ доказаха CCoV 59/08 като щамът, циркулиращ сред кучешката популация в Египет. PCR продуктите на CCoV cДНК бяха много идентични на публикувания частичен ген CCoV-S. Номерът на секвенцията на изследвания в това проучване ген (CCoV-S) в NCBI Genbank бе KY655745.